20 lat bazy MODOMICS: Największa aktualizacja bazy modyfikacji RNA

Dwudziesta rocznica powstania bazy MODOMICS zbiega się z jej największym w historii rozszerzeniem. Zespół prof. Janusza Bujnickiego udostępnił  48 000 sekwencji cząsteczek RNA z zaznaczonymi miejscami modyfikacji.

MODOMICS, stworzony w 2005 r. i systematycznie rozwijany przez zespół pod kierunkiem prof. Janusza Bujnickiego z IIMCB, stanowi najbardziej kompleksowy na świecie zbiór informacji dotyczących modyfikacji RNA. Baza gromadzi dane o strukturach chemicznych zmodyfikowanych rybonukleozydów, ich szlakach biosyntezy, lokalizacjach zmodyfikowanych reszt w sekwencjach RNA oraz enzymach modyfikujących RNA.

Najnowszy artykuł opisujący MODOMICS w Nucleic Acids Research przedstawia szóste i jak dotąd największe rozszerzenie, które wprowadza ponad 48 000 sekwencji cząsteczek RNA z ludzkich komórek z wiarygodnie określonymi miejscami modyfikacji. Zbiór ten opracowano we współpracy z zespołem prof. Christopha Dietericha z Heidelbergu, wykorzystując niedawno opracowaną przez nich bazę Sci-ModoM. Aktualizacja obejmuje także wkład grupy prof. Silvestro Conticello z Florencji w zakresie metod ustalania miejsc modyfikacji w RNA poprzez sekwencjonowanie.

Nowe dane opracowane przez zespół prof. Bujnickiego z IIMCB wzbogacają bazę m.in. o interaktywną mapę podobieństw struktury chemicznej zmodyfikowanych nukleozydów i nukleotydów, deskryptory kwantowo-mechaniczne poszczególnych struktur oraz aktualizację danych dotyczących enzymów wprowadzających modyfikacje w RNA.

– MODOMICS cieszy się znaczącym zainteresowaniem na świecie i przyciąga wielu współpracowników – mówi prof. Janusz Bujnicki. – Jest także kluczowym elementem inicjatywy „Human RNome Project”, której celem jest ustalenie i przeanalizowanie sekwencji oraz modyfikacji wszystkich cząsteczek RNA w komórkach ludzkich. Dzięki najnowszej aktualizacji MODOMICS umacnia swoją rolę najważniejszej bazy wiedzy o modyfikacjach RNA, kluczowej zarówno dla przyszłych odkryć, jak i opracowania nowych zastosowań praktycznych.

Szczegóły szóstej dużej aktualizacji bazy zostały opisane w artykule opublikowanym na łamach Nucleic Acids Research. Zobacz publikację tutaj: „MODOMICS: a database of RNA modifications and related information. 2025 update and 20th anniversary”.