ROOT

Doktorant

Tytuł: Badania strukturalne białek herpeswirusowych zaangażowanych w replikację DNA

Promotor: Profesor dr hab. Marcin Nowotny, Promotor pomocniczy: Dr Małgorzata Figiel

Instytut: Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Jednostka organizacyjna: Laboratorium Struktury Białka

www jednostki: https://bit.ly/3ugJ7po

Opis projektu:

 

Herpeswirusy są jednymi z najbardziej rozpowszechnionych patogenów człowieka. Wywołują trwające całe życie zakażenie z fazą lityczną i latentną. Nie stanowią większego zagrożenia dla osób zdrowych, ale mogą wywoływać ciężkie choroby u pacjentów z obniżoną odpornością. Większość leków przeciwwirusowych, które są stosowane w leczeniu objawów zakażeń herpeswirusami, zaburza proces replikacji wirusowego DNA. Mechanizm replikacji DNA u herpeswirusów jest w dużym stopniu zachowany. Wymaga on sześciu zachowanych białek wirusowych: białka wiążącego jednoniciowy DNA, trzech białek tworzących kompleks helikaza/prymaza oraz polimerazy i związanego z nią czynnika procesywności. Razem tworzą one makromolekularny kompleks zwany replisomem. Inicjacja replikacji jest etapem mniej zachowanym. U wirusa opryszczki typu 1 (HSV-1), najlepiej zbadanego herpeswirusa, wymaga ona dodatkowego białka wiążącego DNA.

Pomimo obszernych danych biochemicznych dotyczących białek replikacyjnych herpeswirusów, nasze zrozumienie replikacji DNA w herpeswirusach jest nadal niepełne. Nie określono jeszcze struktur kilku z tych białek. Co więcej, nie wiadomo, w jaki sposób białka te są rekrutowane do widełek replikacyjnych i jak sprzężona jest synteza obu nici DNA. Wreszcie, brakuje informacji strukturalnych o oddziaływaniach białek tworzących maszynerię replikacyjną HSV-1 między sobą i z ich substratami w postaci kwasów nukleinowych, toteż architektura kompletnego replisomu lub nawet jego części nie jest znana.

 

Cel projektu:

 

Celem tego projektu jest lepsze zrozumienie procesu replikacji DNA u herpeswirusów.
Aby to osiągnąć, zamierzamy określić struktury atomowe białek herpeswirusów zaangażowanych w replikację DNA oraz ich kompleksów z odpowiednimi substratami
w postaci kwasów nukleinowych przy użyciu mikroskopii krioelektronowej (cryo-EM)
i krystalografii rentgenowskiej. Powyższe badania strukturalne będą uzupełnione eksperymentami biochemicznymi. Na podstawie struktur i danych biochemicznych ujawnimy, jak działa replisom herpeswirusów oraz jak regulowana i koordynowana jest aktywność jego komponentów. Wyniki tego projektu będą cennym źródłem informacji dla przyszłych działań badawczych zmierzających do uzyskania nowych leków przeciw herpeswirusom.

 

Wymagania:

  • Tytuł magistra biologii, biochemii lub pokrewnych dziedzin
  • Solidna wiedza z zakresu podstaw biologii molekularnej i biochemii
  • Praktyczne doświadczenie w pracy laboratoryjnej i znajomość podstawowych technik biologii molekularnej
  • Wcześniejsze doświadczenie w produkcji białek rekombinowanych, oczyszczaniu białek, krystalografii rentgenowskiej lub mikroskopii elektronowej będzie dodatkowym atutem
  • Biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie
  • Umiejętności interpersonalne, inicjatywa, dobra organizacja pracy

Liczba dostępnych pozycji: 2

Kontakt: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

 

Doktorant

Tytuł: Mechanizmy regulacji autofagii przez system molekularny BMP2K-L/S podczas prawidłowej lub wadliwej erytropoezy

Promotor: Prof. dr hab. Marta Miączyńska, Promotor pomocniczy: dr Jarosław Cendrowski

Instytut: Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Jednostka organizacyjna: Laboratorium Biologii Komórki

www jednostki: https://bit.ly/3OUEniI

Opis projektu:

 

Choroby wynikające z zaburzonej erytropoezy stanowią istotny problem medyczny, jako że często brakuje specyficznych metod ich leczenia, a te dostępne wiążą się z poważnymi efektami ubocznymi. Erytropoeza to bardzo skomplikowany proces różnicowania się komórek i choć badany jest od dekad, liczne molekularne i komórkowe aspekty tego procesu pozostają słabo poznane. Przykładowo, nadal mało wiadomo jakie molekularne mechanizmy leżą u podstaw rearanżacji transportu błonowego (między innymi sekrecji i autofagii), która zachodzi podczas dojrzewania komórek prekursorowych czerwonych krwinek.

Patologia molekularna wielu chorób wynikających z zaburzonej erytropoezy obejmuje dysfunkcję autofagii i terapeutyczna stymulacja tego procesu może łagodzić dotkliwość tych chorób. Niedawno odkryliśmy, że komórki z linii erytroidalnej produkują duże ilości kinazy serynowo-treoninowej BMP2K, która jest regulatorem transportu błonowego. Wykazaliśmy, że dłuższy i krótszy wariant tej kinazy (odpowiednio BMP2K-L oraz BMP2K-S) tworzą molekularny system regulacyjny, nazwany systemem BMP2K-L/S, który kontroluje powstawanie pęcherzyków wydzielniczych COPII oraz degradację autofagiczną w komórkach białaczki erytroidalnej z linii K562. Chociaż aktywność kinazy BMP2K może być potencjalnie regulowana farmakologicznie, molekularne mechanizmy i znaczenie fizjologiczne funkcjonowania systemu BMP2K-L/S nie zostały jeszcze zrozumiane. Pęcherzyki COPII transportują nowo powstałe białka wydzielane oraz błonowe z siateczki endoplazmatycznej do aparatu Golgiego, ale biorą też udział w biogenezie autofagosomów. Otrzymane przez nas wyniki wskazują, że system BMP2K-L/S może wpływać na autofagię podczas erytropoezy poprzez regulację powstawania struktur COPII.

 

Cel projektu:  

 

Głównym celem tego projektu jest wyjaśnienie poprzez jakie mechanizmy molekularne białka BMP2K-L i -S regulują powstawanie struktur COPII i degradację autofagiczną w komórkach erytroidalnych. Ponadto pragniemy zbadać znaczenie regulacji transportu zależnego od pęcherzyków COPII oraz autofagii przez system BMP2K-L/S dla prawidłowej erytropoezy lub zaburzonej w wyniku chorób genetycznych takich jak beta-talasemia, anemia sierpowata czy wrodzona niedokrwistość dyserytropoetyczna. Aby osiągnąć te cele wykorzystamy najnowszy model komórkowy do badania erytropoezy in vitro, linię komórkową BEL-A. W komórkach tych wprowadzimy odpowiednie modyfikacje genetyczne metodą CRISPR/Cas9 i zbadamy ich efekty na wybrane procesy wewnątrzkomórkowe przy pomocy nowoczesnych metod biochemicznych jak również mikroskopii elektronowej i konfokalnej. Podsumowując, projekt ten może wnieść kluczowy wkład w lepsze zrozumienie funkcjonowania systemu BMP2K-L/S i pozwoli na zweryfikowanie czy kinaza BMP2K może być dobrym celem terapeutycznym w leczeniu chorób wynikających z zaburzonej erytropoezy.

Wymagania:

 

  • Tytuł magistra biologii, biochemii lub pokrewnych dziedzin
  • Solidna wiedza z zakresu podstaw biologii komórkowej i molekularnej
  • Praktyczne doświadczenie w pracy laboratoryjnej szczególnie wykorzystując podstawowe techniki biologii komórkowej i molekularnej
  • Wcześniejsze doświadczenie w hodowli komórek i/lub w badaniu autofagii będzie dodatkowym atutem
  • Biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie
  • Umiejętności interpersonalne, inicjatywa i umiejętność pracy samodzielnej
    oraz w zespole

Liczba dostępnych pozycji: 1

Kontakt: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

 

Doktorant

Tytuł: Oddziaływanie RNA-białko w zdrowiu i chorobach człowieka (NCN/DIOSCURI)

Promotor: Prof. dr hab. Gracjan Michlewski

Instytut: Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Jednostka organizacyjna: Laboratorium Oddziaływań RNA-Białko – Centrum Dioscuri

www jednostki: https://bit.ly/3EyzUgQ

Opis projektu:

 

Białka wiążące RNA (RBP) to kluczowe cząsteczki, które kontrolują ekspresję genów poprzez interakcje RNA-białko. W konsekwencji przyczyniają się do homeostazy komórkowej, prawidłowego rozwoju i większości chorób człowieka. Co ważne, nowe RBP są odkrywane przy użyciu wysokoprzepustowej proteomiki, ale nadal mamy ograniczone zrozumienie ich funkcji.

Wirusy RNA spowodowały kilka epidemii w XXI wieku. Biorąc za przykład zakażenie wirusem grypy A (IAV), co roku zabija od 250 000 do 500 000 osób i generuje znaczące globalne obciążenie społeczno-ekonomiczne. Co ważne, pojawienie się pandemii COVID-19 wywołanej wirusem RNA SARS-CoV-2 nadal ma katastrofalne skutki dla zdrowia publicznego i gospodarki światowej. W związku z tym szczegółowe molekularne zrozumienie interakcji gospodarz-wirus jest konieczne, aby wiedzieć, jak najlepiej inaktywować te wirusy i zapobiec poważnym problemom w przyszłości.

Nasz grupa odkryła i zaczęła charakteryzować nowe białko wiążące RNA - ligazę ubikwityny E3 TRIM25 (Choudhury i wsp. 2014; Choudhury i wsp. 2017). TRIM25 należy do dużej rodziny białek zawierających trójdzielny motyw TRI (ponad 80), z których większość ma aktywność ligazy ubikwityny E3. Wiele z białek TIRIM to pozytywne lub negatywne regulatory szlaków wrodzonej odpowiedzi immunologicznej. Co ważne, TRIM25 wyłania się jako kluczowy czynnik we wrodzonej odpowiedzi immunologicznej na wirusy RNA (w tym IAV, CoV, wirus dengi i wiele innych). Pomimo istotnego udziału TRIM25 we wrodzonej odporności wywołanej wirusowym RNA, jego funkcje związane z oddziaływaniem z RNA są nadal słabo poznane.

 

Cel projektu:  

 

W tym projekcie zamierzamy wykorzystać zgromadzony multidyscyplinarny zespół do odkrycia roli nowych interakcji RNA-białko w odpowiedzi przeciwwirusowej na wybrane infekcje wirusami RNA. Stawiamy hipotezę, że TRIM25 wiąże się bezpośrednio z wirusowym RNA w celu ograniczenia rozprzestrzeniania się wirusa. Stawiamy również hipotezę, że inni członkowie rodziny TRIM wiążą RNA. Wreszcie, stawiamy hipotezę, że określone RBP gospodarza wiążą się z RNA pochodzącymi z wirusa i hamują lub wzmacniają wrodzoną odpowiedź immunologiczną. Podsumowując, projekt ten może wnieść kluczowy wkład w zrozumienie wrodzonej odpowiedzi immunologicznej na wirusy RNA i dostarczyć platformę do opracowania nowych, opartych na RNA leków przeciwwirusowych.

 

Wymagania:

  • Tytuł magistra biologii, biochemii lub pokrewnych dziedzin
  • Solidna wiedza z zakresu podstaw biologii komórkowej i molekularnej, wirusologii lub biochemii
  • Praktyczne doświadczenie w pracy laboratoryjnej i zna podstawowe techniki biologii komórkowej i molekularnej
  • Wcześniejsze doświadczenie w obróbce i analizie wirusów, hodowli komórek, spektrometrii mas lub bioinformatyce będzie dodatkowym atutem
  • Biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie
  • Umiejętności interpersonalne, inicjatywa i umiejętność pracy samodzielnej
    oraz w wydajnym zespole

Liczba dostępnych pozycji: 1

Kontakt: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Ważne do: 05.01.2022

Ważne do: 17.12.2022

Ważne do: 31.12.2022

Ważne do: 05.01.2023

Ważne do: 05.01.2023

Numer zamówienia: WIB/LBR/49

Numer zamówienia: WIB/LBK/11

Numer zamówienia: WIB/LBK/10

Numer zamówienia: WIB/LBK/9

Subcategories