Rekrutacja prowadzona jest poprzez system internetowy Szkoły Doktorskiej. Kandydat może ubiegać się o przyjęcie do tego konkretnego projektu realizowanego w ramach Szkoły Doktorskiej Warsaw-4-PhD poprzez stronę internetową https://bit.ly/3tegzul (system aplikacyjny zostanie uruchomiony od 21 grudnia, 2022; termin nadsyłania zgłoszeń upływa 4 stycznia, 2023). Więcej informacji można znaleźć pod linkiem https://bit.ly/3g5tOtV
Doktorant
Tytuł: Badania strukturalne białek herpeswirusowych zaangażowanych w replikację DNA
Promotor: Profesor dr hab. Marcin Nowotny, Promotor pomocniczy: Dr Małgorzata Figiel
Instytut: Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
Jednostka organizacyjna: Laboratorium Struktury Białka
www jednostki: https://bit.ly/3ugJ7po
Opis projektu:
Herpeswirusy są jednymi z najbardziej rozpowszechnionych patogenów człowieka. Wywołują trwające całe życie zakażenie z fazą lityczną i latentną. Nie stanowią większego zagrożenia dla osób zdrowych, ale mogą wywoływać ciężkie choroby u pacjentów z obniżoną odpornością. Większość leków przeciwwirusowych, które są stosowane w leczeniu objawów zakażeń herpeswirusami, zaburza proces replikacji wirusowego DNA. Mechanizm replikacji DNA u herpeswirusów jest w dużym stopniu zachowany. Wymaga on sześciu zachowanych białek wirusowych: białka wiążącego jednoniciowy DNA, trzech białek tworzących kompleks helikaza/prymaza oraz polimerazy i związanego z nią czynnika procesywności. Razem tworzą one makromolekularny kompleks zwany replisomem. Inicjacja replikacji jest etapem mniej zachowanym. U wirusa opryszczki typu 1 (HSV-1), najlepiej zbadanego herpeswirusa, wymaga ona dodatkowego białka wiążącego DNA.
Pomimo obszernych danych biochemicznych dotyczących białek replikacyjnych herpeswirusów, nasze zrozumienie replikacji DNA w herpeswirusach jest nadal niepełne. Nie określono jeszcze struktur kilku z tych białek. Co więcej, nie wiadomo, w jaki sposób białka te są rekrutowane do widełek replikacyjnych i jak sprzężona jest synteza obu nici DNA. Wreszcie, brakuje informacji strukturalnych o oddziaływaniach białek tworzących maszynerię replikacyjną HSV-1 między sobą i z ich substratami w postaci kwasów nukleinowych, toteż architektura kompletnego replisomu lub nawet jego części nie jest znana.
Cel projektu:
Celem tego projektu jest lepsze zrozumienie procesu replikacji DNA u herpeswirusów.
Aby to osiągnąć, zamierzamy określić struktury atomowe białek herpeswirusów zaangażowanych w replikację DNA oraz ich kompleksów z odpowiednimi substratami
w postaci kwasów nukleinowych przy użyciu mikroskopii krioelektronowej (cryo-EM)
i krystalografii rentgenowskiej. Powyższe badania strukturalne będą uzupełnione eksperymentami biochemicznymi. Na podstawie struktur i danych biochemicznych ujawnimy, jak działa replisom herpeswirusów oraz jak regulowana i koordynowana jest aktywność jego komponentów. Wyniki tego projektu będą cennym źródłem informacji dla przyszłych działań badawczych zmierzających do uzyskania nowych leków przeciw herpeswirusom.
Wymagania:
- Tytuł magistra biologii, biochemii lub pokrewnych dziedzin
- Solidna wiedza z zakresu podstaw biologii molekularnej i biochemii
- Praktyczne doświadczenie w pracy laboratoryjnej i znajomość podstawowych technik biologii molekularnej
- Wcześniejsze doświadczenie w produkcji białek rekombinowanych, oczyszczaniu białek, krystalografii rentgenowskiej lub mikroskopii elektronowej będzie dodatkowym atutem
- Biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie
- Umiejętności interpersonalne, inicjatywa, dobra organizacja pracy
Liczba dostępnych pozycji: 2
Kontakt: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.
Doktorant
Tytuł: Oddziaływanie RNA-białko w zdrowiu i chorobach człowieka (NCN/DIOSCURI)
Promotor: Prof. dr hab. Gracjan Michlewski
Instytut: Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie
Jednostka organizacyjna: Laboratorium Oddziaływań RNA-Białko – Centrum Dioscuri
www jednostki: https://bit.ly/3EyzUgQ
Opis projektu:
Białka wiążące RNA (RBP) to kluczowe cząsteczki, które kontrolują ekspresję genów poprzez interakcje RNA-białko. W konsekwencji przyczyniają się do homeostazy komórkowej, prawidłowego rozwoju i większości chorób człowieka. Co ważne, nowe RBP są odkrywane przy użyciu wysokoprzepustowej proteomiki, ale nadal mamy ograniczone zrozumienie ich funkcji.
Wirusy RNA spowodowały kilka epidemii w XXI wieku. Biorąc za przykład zakażenie wirusem grypy A (IAV), co roku zabija od 250 000 do 500 000 osób i generuje znaczące globalne obciążenie społeczno-ekonomiczne. Co ważne, pojawienie się pandemii COVID-19 wywołanej wirusem RNA SARS-CoV-2 nadal ma katastrofalne skutki dla zdrowia publicznego i gospodarki światowej. W związku z tym szczegółowe molekularne zrozumienie interakcji gospodarz-wirus jest konieczne, aby wiedzieć, jak najlepiej inaktywować te wirusy i zapobiec poważnym problemom w przyszłości.
Nasz grupa odkryła i zaczęła charakteryzować nowe białko wiążące RNA - ligazę ubikwityny E3 TRIM25 (Choudhury i wsp. 2014; Choudhury i wsp. 2017). TRIM25 należy do dużej rodziny białek zawierających trójdzielny motyw TRI (ponad 80), z których większość ma aktywność ligazy ubikwityny E3. Wiele z białek TIRIM to pozytywne lub negatywne regulatory szlaków wrodzonej odpowiedzi immunologicznej. Co ważne, TRIM25 wyłania się jako kluczowy czynnik we wrodzonej odpowiedzi immunologicznej na wirusy RNA (w tym IAV, CoV, wirus dengi i wiele innych). Pomimo istotnego udziału TRIM25 we wrodzonej odporności wywołanej wirusowym RNA, jego funkcje związane z oddziaływaniem z RNA są nadal słabo poznane.
Cel projektu:
W tym projekcie zamierzamy wykorzystać zgromadzony multidyscyplinarny zespół do odkrycia roli nowych interakcji RNA-białko w odpowiedzi przeciwwirusowej na wybrane infekcje wirusami RNA. Stawiamy hipotezę, że TRIM25 wiąże się bezpośrednio z wirusowym RNA w celu ograniczenia rozprzestrzeniania się wirusa. Stawiamy również hipotezę, że inni członkowie rodziny TRIM wiążą RNA. Wreszcie, stawiamy hipotezę, że określone RBP gospodarza wiążą się z RNA pochodzącymi z wirusa i hamują lub wzmacniają wrodzoną odpowiedź immunologiczną. Podsumowując, projekt ten może wnieść kluczowy wkład w zrozumienie wrodzonej odpowiedzi immunologicznej na wirusy RNA i dostarczyć platformę do opracowania nowych, opartych na RNA leków przeciwwirusowych.
Wymagania:
- Tytuł magistra biologii, biochemii lub pokrewnych dziedzin
- Solidna wiedza z zakresu podstaw biologii komórkowej i molekularnej, wirusologii lub biochemii
- Praktyczne doświadczenie w pracy laboratoryjnej i zna podstawowe techniki biologii komórkowej i molekularnej
- Wcześniejsze doświadczenie w obróbce i analizie wirusów, hodowli komórek, spektrometrii mas lub bioinformatyce będzie dodatkowym atutem
- Biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie
- Umiejętności interpersonalne, inicjatywa i umiejętność pracy samodzielnej
oraz w wydajnym zespole
Liczba dostępnych pozycji: 1
Kontakt: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.