Proces rekrutacji prowadzony jest za pośrednictwem systemu internetowego Szkoły Doktorskiej. Doktorant może aplikować do konkretnego projektu realizowanego w ramach Warszawskiej Szkoły Doktorskiej 4-PhD za pośrednictwem strony internetowej https://shorturl.at/cJKQY (system aplikacji zostanie uruchomiony 22 maja 2023 r.; termin nadsyłania aplikacji upływa 4 czerwca 2023 r.). Więcej informacji można znaleźć pod linkiem https://shorturl.at/mvxOR

Doktorant

Tytuł: Oś jelito-wątroba w marskości wątroby (NAWA Polskie Powroty)

Promotor: Dr Aleksandra A Kołodziejczyk

Instytut: Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Jednostka organizacyjna: Laboratorium Genomiki Komórkowej

www jednostki: https://olab.com.pl/  https://shorturl.at/JNT69

Opis Projektu:

Wątroba jest szczególnie interesująca w kontekście mikrobiomu ze względu na swoje anatomiczne połączenie z jelitami, w których przebywa większość drobnoustrojów. Poprzez krążenie wrotne cząsteczki i metabolity pochodzące z mikrobioty jelitowej wraz ze składnikami odżywczymi z trawionego pokarmu, docierają do wątroby. To sprawia, że ​​wątroba jest wyjątkowo narażona na wpływ mikrobioty, mimo że nie ma bezpośredniego kontaktu
z żywymi bakteriami. Z drugiej strony wątroba oddziałuje na środowisko jelit bezpośrednio – np. poprzez wydzielanie kwasów żółciowych oraz pośrednio – np. regulując homeostazę metaboliczną organizmu. W chorobach wątroby taka architektura interakcji może prowadzić do pętli sprzężenia zwrotnego, w których pogorszenie funkcji wątroby wpływa na fizjologię jelit lub mikrobiotę, co z kolei powoduje zaostrzenie choroby.

Zwłóknienie wątroby i jego zaawansowany etap - marskość wątroby, stanowią jeden
z głównych nierozwiązanych problemów zdrowia publicznego zarówno w społeczeństwach rozwiniętych, jak i rozwijających się. Główne etiologie marskości wątroby obejmują alkoholową chorobę wątroby (ALD = alcoholic liver disease), niealkoholową stłuszczeniową chorobę wątroby (NAFLD = non-alcoholic fatty liver disease) i wirusowe zapalenie wątroby.

U pacjentów z NAFLD i ALD wykazano, że struktura drobnoustrojów jelitowych z ulega zmianom z powodu uszkodzenia wątroby i zaburzeń metabolicznych. Ponadto, specyficzne sygnatury mikrobiomu korelują z chorobą. Zmianom tym towarzyszą różnorodne objawy żołądkowo-jelitowe, takie jak ból, nudności, wzdęcia, biegunki czy zaparcia. Przypuszcza się, że zmieniona mikrobiota może przyczyniać się do progresji choroby, jednak nie ma badań wykazujących to w sposób jednoznaczny i opisujących mechanizm tych zmian. Ponieważ do tej pory możliwości leczenia marskości wątroby są bardzo ograniczone, zrozumienie
i odwrócenie zmian patologicznych w jelicie może być drogą do złagodzenia objawów
i potencjalnego ograniczenia progresji choroby.

Cel projektu:

Celem tego projektu jest zbadanie osi jelito-wątroboa w mysim modelu zwłóknienia wątroby, w szczególności (1) wyjaśnienie roli mikrobiomu w postępie choroby wątroby oraz (2) zrozumienie, w jaki sposób uszkodzenie wątroby wpływa na mikroflorę i fizjologię jelit. Aby odpowiedzieć na te pytania, wykorzystamy modele choroby i jej aspektów in vitro i in vivo oraz zaawansowaną genomikę (taką jak sekwencjonowanie RNA pojedynczych komórek, metagenomikę) i bioinformatykę.

Wymagania:

Pozycja 1

• Tytuł magistra lub magistra inżyniera biologii, biotechnologii, biochemii, genetyki, medycyny lub dziedzin pokrewnych
• Znajomość biologii molekularnej i komórkowej
• Biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie
• Doskonałe umiejętności interpersonalne, inicjatywa, dobra organizacja pracy, dobra umiejętność współpracy
• Praktyczne doświadczenie w pracy laboratoryjnej
• Wcześniejsze doświadczenie w następujących technikach będzie zaletą (ale nie jest wymagane):
• tworzenie bibliotek sekwencjonowania (Illumina, RNAseq, genomika pojedynczych komórek, metagenomika)
• hodowle komórkowe (linie komórkowe, organoidy, techniki modyfikacji linii komórkowych oparte na CRISPR)
• mikrobiologia (hodowla izolatów bakteryjnych, fenotypowanie, praca z komorą beztlenową)
• praca z myszami
• FACS, sortowanie komórek

Pozycja 2

• Tytuł magistra lub magistra inżyniera biologii, biotechnologii, inżynierii, informatyki, matematyki, fizyki lub dziedzin pokrewnych
• Zainteresowanie biologią molekularną i fizjologią
• Biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie
• Doskonałe umiejętności interpersonalne, inicjatywa, dobra organizacja pracy, dobra umiejętność współpracy
• Umiejętność kodowania w R i/lub Pythonie
• Doświadczenie w data science
• Wcześniejsze doświadczenie w analizie danych sekwencjonowania Illumina lub pisaniu potoków (pipeline-ów) będzie dodatkowym atutem

Liczba dostępnych pozycji: 2

Kontakt: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.

Doktorant

Tytuł: Badania strukturalne białek herpeswirusowych zaangażowanych w replikację DNA

Promotor: Profesor dr hab. Marcin Nowotny, Promotor pomocniczy: Dr Małgorzata Figiel

Instytut: Międzynarodowy Instytut Biologii Molekularnej i Komórkowej w Warszawie

Jednostka organizacyjna: Laboratorium Struktury Białka

www jednostki: https://bit.ly/3ugJ7po

Opis projektu:

Herpeswirusy są jednymi z najbardziej rozpowszechnionych patogenów człowieka. Wywołują trwające całe życie zakażenie z fazą lityczną i latentną. Nie stanowią większego zagrożenia dla osób zdrowych, ale mogą wywoływać ciężkie choroby u pacjentów z obniżoną odpornością. Większość leków przeciwwirusowych, które są stosowane w leczeniu objawów zakażeń herpeswirusami, zaburza proces replikacji wirusowego DNA. Mechanizm replikacji DNA u herpeswirusów jest w dużym stopniu zachowany. Wymaga on sześciu zachowanych białek wirusowych: białka wiążącego jednoniciowy DNA, trzech białek tworzących kompleks helikaza/prymaza oraz polimerazy i związanego z nią czynnika procesywności. Razem tworzą one makromolekularny kompleks zwany replisomem. Inicjacja replikacji jest etapem mniej zachowanym. U wirusa opryszczki typu 1 (HSV-1), najlepiej zbadanego herpeswirusa, wymaga ona dodatkowego białka wiążącego DNA.

Pomimo obszernych danych biochemicznych dotyczących białek replikacyjnych herpeswirusów, nasze zrozumienie replikacji DNA w herpeswirusach jest nadal niepełne. Nie określono jeszcze struktur kilku z tych białek. Co więcej, nie wiadomo, w jaki sposób białka te są rekrutowane do widełek replikacyjnych i jak sprzężona jest synteza obu nici DNA. Wreszcie, brakuje informacji strukturalnych o oddziaływaniach białek tworzących maszynerię replikacyjną HSV-1 między sobą i z ich substratami w postaci kwasów nukleinowych, toteż architektura kompletnego replisomu lub nawet jego części nie jest znana.

Cel projektu:

Celem tego projektu jest lepsze zrozumienie procesu replikacji DNA u herpeswirusów.
Aby to osiągnąć, zamierzamy określić struktury atomowe białek herpeswirusów zaangażowanych w replikację DNA oraz ich kompleksów z odpowiednimi substratami
w postaci kwasów nukleinowych przy użyciu mikroskopii krioelektronowej (cryo-EM)
i krystalografii rentgenowskiej. Powyższe badania strukturalne będą uzupełnione eksperymentami biochemicznymi. Na podstawie struktur i danych biochemicznych ujawnimy, jak działa replisom herpeswirusów oraz jak regulowana i koordynowana jest aktywność jego komponentów. Wyniki tego projektu będą cennym źródłem informacji dla przyszłych działań badawczych zmierzających do uzyskania nowych leków przeciw herpeswirusom.

Wymagania:

• Tytuł magistra biologii, biochemii lub pokrewnych dziedzin
• Solidna wiedza z zakresu podstaw biologii molekularnej i biochemii
• Praktyczne doświadczenie w pracy laboratoryjnej i znajomość podstawowych technik biologii molekularnej
• Wcześniejsze doświadczenie w produkcji białek rekombinowanych, oczyszczaniu białek, krystalografii rentgenowskiej lub mikroskopii elektronowej będzie dodatkowym atutem
• Biegła znajomość języka angielskiego w mowie i piśmie
• Umiejętności interpersonalne, inicjatywa, dobra organizacja pracy

Liczba dostępnych pozycji: 2

Kontakt: This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it.